2010-8-6

半年更新汇总

最近半年主要忙科研的事情，写blog也没有以前那么经常了－－其实以前也完全算不得经常－－这里干脆汇总一下，不过主要还是科研方面的事情。

MCX v0.4.9 发布

私下里号称业内最快的Monte Carlo光传输模拟软件，Monte Carlo eXtreme (MCX)最近发布了新的beta版。新版本修正了不少0.2(final)中的问题，并添加了一些非常有用的功能，特别是saving detected photon，已经有不下5个人向我要求过添加这个功能。对于标准的测试范例，MCX在GTX 470(Fermi)上可以在一个ms模拟12000个光子；用GTX295的一个core是6300个；而在8800GT上是3000个；如果用单线程CPU程序的的话(tMCimg)，在Xeon E5520上也最多40/ms。图形用户界面也做了相应的更新。从去年发布到现在，已经有将近80个注册用户，500多下载，大概三四次文章引用。希望这次新版本发布后会有更多人来使用。

新版本软件下载地址在这里。

iso2mesh 1.0-beta (代号：豆腐) 发布

iso2mesh是一个非常容易使用的三维有限元网格生成matlab工具箱。iso2mesh的codename都是食品系列的，0.5叫Footlong (我特别喜欢subway的footlong)，0.6叫Quesadilla，0.8叫Hotpot；1.0就叫Tofu。Hotpot是去年5月发布的，到现在都一年多了。这一年多一直没有停止过对iso2mesh的改进，主要动力还是自己的project中使用。一旦发现希望用的功能没有，就自己动手添加。到现在功能基本还算丰富。前几个星期回Dartmouth参见symposium，有一个talk，基本上展示了iso2mesh的使用方法。

新版本下载地址在这里。

科研主页更新

从二月以来，科研主页改版了，主要是通过Habitat的JSON接口来进行动态更新的。

Mesh-based Monte Carlo (MMC)

这个月刚出来的Biomed. Optics Express上发了两篇文章，一篇是关于structure-prior的，另外一篇是关于mesh-based Monte Carlo。后者对应的软件也打算以开源的方式发布。目前先制作了一个类似MCX的网页，后面陆续会将有用的东西贴出来。目前发布的包括Collins adult brain atlas FEM mesh，以及Matlab Toolbox for the Analytical Diffusion/Helmholtz Solutions of a Sphere。

OSA的talk

四月份去Miami参加OSA，准备了两个talk，一个是关于breast imaging的(invited)，另外一个是关于MCX的。会议结束后又玩了几天，驱车160迈到美国最南端keywest玩了一天，开车经过了True lies中曾经拍摄过的7-miles长桥，从海明威故居门口走过，看了落日，在seven-fish吃了晚餐，第二天在一个家庭旅馆的后院度过了非常惬意的一个早晨。回来的路上在Bahia State park玩了snorkeling，结果看到的主要还是水草。很可惜那几天风大，否则可以乘船出去snorke。回到miami又在Everglades看了鳄鱼。Miami的海是浅蓝，跟Boston的完全不一样。

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2010-2-14

写毛笔字

已经记不清楚上一次写毛笔字是什么时候，三年前？十年前？似乎从上了高中以后就再也没有专心写过了。这段不知为什么，总是很想写一写，可是仅有的一瓶墨汁也不在身边，只好从ebay上又买了一瓶，由于USPS的问题，等了足足一个月才收到。

手已经完全生疏了，起笔落笔也一点感觉也没有。写第一张的时候甚至手都还是抖的，字也写的歪斜，看来后面还要多花一些功夫练习才行。

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2010-1-28

新作发布：Habitat 小巧快捷的wiki引擎

Habitat 是一款小巧、快捷、安装简便、扩展能力强的开源wiki引擎。最新测试版已经提供免费下载，整个软件包仅140kB。请阅读中文安装、使用说明，并安装测试。该软件与其他wiki系统类似，它为用户提供了一个方便快捷地建立自己的资料库、网站的平台。使用Habitat提供的版本管理功能，你可以保留页面的所有修正历史，并可以随时恢复到过去的版本。Habitat还提供了多层次页面支持、数据库后台以及可编程的扩展接口。Habitat提供的基本排版格式可以参见样本页面。

Debian/Ubuntu用户可使用安装说明中的apt-get命令一次性安装所有相关组件。其他Linux/Mac OS用户也可以搜索安装相关的perl模块。目前该软件尚不支持Ｗindows。

这个blog是Habitat的原型，后面有时间应该升级一下了 :)

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2009-12-20

MCX 0.2 final is released

赶在vacation之前把0.2 final发布了，更新信息参见 MCX主页, 发布公告全文在这里。

晚上就到Las Vegas了，花花世界 ...

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2009-12-15

人生完整了

以前听说有人在路上被打劫的，今天轮到自己头上。人生终于完整了。好在人还没事，也没被抢走什么东西，不幸中的万幸吧。

下午帮了同事一个忙，完了后就顺路回家，大概7点多从地铁站出来，都已经走到家门口，快准备进门的时候，被两个人前后抱住。开始我还以为是邻居的韩国小孩认错人搞恶作剧，没有想到前面的那个人开始使劲打我的头，并且感觉有手摸我的口袋，我这才意识到被打劫了。后面的人用胳膊捂住我的嘴，我尽力挣脱后大喊了两声Help，这时候已经被他们按倒在地。两个bustered没有摸出什么来，就一溜烟跑了。

打911把警察叫过来，也没有什么可报告的，他们的脸都没有看清楚。事情太突然，前后大概就30秒的时间。还好他们没有带什么凶器，否则就不是头上长几个包这么简单了。

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2009-12-10

MCX Studio

MCX的GUI, MCX Studio, 基本上完工了。今天在Linux, Mac OS X和Windows上测试了一遍，除了lazarus的一些小问题（比如Mac上TFileNameEdit的那个icon在enable=false的时候没变灰，onchange事件也不管用，Linux下mcx运行完后TAsyncProcess的onterminate不trigger，windows下mcx中用fflush(stdout)不起作用等等），主要的功能都运行正常。当然，开发过程中还得到了lazarus论坛上一些朋友的帮助。

最后强烈致谢一把Lazarus的开发人员，真是一个伟大的软件，用delphi/c++builder来编程的乐趣终于得到了延续！

这里是三个系统下的截图。对比一下，windows看上去实在是太土了。

on Ubuntu Linux	on Mac OS X	on Windows XP

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